Órganos unipersonales:
- Rector.
- Vicerrectores.
- Secretaria general.
- Vicesecretario general.
- Gerente.
- Directores de los Centros Docentes y de Investigación.
- Coordinador de Estudios y Programas.
- Director de los Servicios Universitarios.
- Director de Cursos para extranjeros.
- Director del Colegio Mayor Las Llamas.
Órganos colegiados:
Consejo de Gobierno
El Consejo de Gobierno estará formado por el Rector, los Vicerrectores, el Coordinador de Estudios y Programas, el Gerente y la Secretaria general, que actuará de Secretaria del mismo.
Patronato
El Patronato es el órgano de participación de la sociedad en el cumplimiento de los fines de la Universidad Internacional Menéndez Pelayo. Entre sus funciones destacan: elección de Rector, aprobación de presupuestos y memoria económica, establecimiento de convenios de investigación, etc.
Claustro Universitario
Es el máximo órgano de representación de la Universidad. Son funciones del claustro asistir a las solemnidades de la vida universitaria, informar y conocer las directrices del funcionamiento académico de la Universidad y asesorar a los órganos de gobierno en cuestiones de carácter académico.
