La UIMP tiene implantados ocho programas de doctorado que se realizan gracias a la participación y colaboración del Consejo Superior de Investigaciones Científica (6 programas), Centro de Estudios Económicos, Monetarios y Financieros del Banco de España (1 programa) y de las universidades participantes en el programa interuniversitario en Historia Contemporánea.
Los doctorandos realizan sus Tesis doctorales dirigidos por investigadores de estos centros docentes y de investigación, abordando alguna de las líneas de investigación definidas en los programas oficiales.
El servicio del Vicerrectorado de Postgrado e Investigación y la Secretaría de Estudiantes de la UIMP están encargados de localizar y difundir las convocatorias de becas, ayudas, contratos y proyectos de investigación publicados en los Boletines Oficiales, lo mismo que los ofertados por organismos, fundaciones, empresas, etc.
